桐蔭学園では、男子部と女子部とに、それぞれ学習・生活エリアを分けること（男女別学）で、男子・女子それぞれの良さを活かす環境を提供しています。
ただし、大学受験期の高校3年になると、全員の学習エリアを進学棟という同一校舎へ移します（男女併学）。HR（ホームルーム）など生活の基盤は男女別のままですが、授業は男女一緒で、互いに切磋琢磨しながら志望大学への進学を目指します。

理数コース

将来、東大などの難関国公立大（文系および理系）・医歯薬系大学に進学したいと考えている成績上位者を対象にした『特進』コースです。
数学を中心として、よりスピーディーに、より高度な内容の授業を行います。

普通コース

本校の特長である習熟度別授業を最大限に生かし、一人ひとりの学習の理解度に応じて、じっくりときめ細かな指導を行っていきます。
学習内容を確実に身につけることによって、将来の国公立大学や主要私立大学への進学に備えます。