桐蔭学園中等教育学校での部活動（前期課程は週３回以内・後期課程は週４回以内）は、アフタースクール（放課後のさまざまな活動）を構成する重要な一つです。学校という場でしか得られない、一生涯続く貴重な友情を育む、最も適切な場が部活動です。また、同時に「知・徳・体」の高度にバランスのとれた人格を形成する場でもあります。本校では、前期課程では９０％を超える生徒が部活動に所属しています。

部活動一覧（中等）はこちらからNAVIGATION BOOK（学校案内パンフレット）をご参照ください。また、下記の部活動は、２０２４年５月時点での活動状況です。活動人数の減少等により、活動が縮小または停止になることがあります。

文化部

　文化部の活動の醍醐味は、友人たちとともに創造する喜び、そして自分の内面にあるテーマを表現し、相手に伝える達成感です。文化部の活動で得たさまざまな知恵と技が、生徒の将来にわたる大切な糧となっていきます。文化部の活動においても、桐蔭学園の「最後までやり抜く強い意志を養おう」という校訓が生きており、活動をより充実させたものにしています。

運動部

　運動部の活動の醍醐味は、友人たちとともに身体を動かし、チームプレーなどを通じて体と心を成長させていくことにあります。運動部の活動で得たさまざまな知恵と技が、生徒の将来にわたる大切な糧となっていきます。桐蔭学園の「最後までやり抜く強い意志を養おう」という校訓は、運動部の活動において特にその意味を深く感じさせるものとなっています。 ※後期課程（４〜６年）においては、高等学校とは別組織であり、大会への出場も別チームとなります。後期課程進級時に、中等教育学校から高等学校への「転籍」や「受験」はできません。また校内に存在しない部活動については、学校として対応できないため受け入れることができませんのでご注意ください。

模擬国連部

　模擬国連部は、中等教育学校の中でひときわ輝きを放つ部です。発足したのは2007年と、学園の中でも歴史の浅いクラブの一つですが、2021年、10回目の日本代表として世界大会に出場した本校チームは、ついに優勝（これまでの最高位は世界第2位の優秀賞）の栄冠を獲得しています。

模擬国連とは、実際に発生している国際問題を、国連会議の形式で討論し、各国の立場を踏まえながら問題解決の方法を探るという活動です。この活動を通して、プレゼンテーション能力・国際問題への問題意識の向上、多角的な視野の獲得を狙っています。