健康管理センターは、桐蔭学園に在籍する幼稚園から大学までの園児・児童・生徒・学生、そして教職員の健康保持増進に寄与することを目的とし、定期健康診断、病気やケガに対する応急処置、健康相談を行っています。
また、それぞれの校舎ごとに保健室が置かれており、速やかに生徒などの怪我や病気の対応にあたります。学園の中央に位置する桐蔭学園シンフォニーホール近くには桐蔭学園診療所もあり、校医その他の協力医に診察してもらうことが可能です。

AED（自動体外式除細動器）もキャンパス内の２４箇所に設置されており、更改を済ませております。ウインターキャンプや校外宿泊研修の時にも協力医が同宿し、生徒の健康管理に目を配ります。保護者・生徒の相談に対し、きめ細かく対応するカウンセリング体制も整えております。